Darwin – um reles charlatão plagiador???

domingo, agosto 27, 2006

Nas pesquisas que realizo atualmente sobre a controvérsia entre Mivart e Darwin, tenho achado algumas coisas muito interessantes sobre Darwin e os demais atores. Há, contudo, uma declaração de C.D. Darlington, geneticista evolucionista, que me deixou e deixa bastante intrigado: "... há um sentimento natural (entre os cientistas) de que uma das maiores de nossas figuras [Darwin] não deva ser dissecada, pelo menos por um de nós". [1] Por que Darwin tem que ser dissecado por outros fora da Biologia? Qual a razão de 'blindar' Darwin de quaisquer críticas?

Depois do que li no blog Uncommon Descent o artigo "Was Blyth the true scientist and Darwin merely a plagiarist and charlatan?", fiquei com uma baita pulga na orelha – seria Darwin um reles charlatão plagiador? Seria Edward Blyth quem pensou primeiro sobre a "seleção natural"? Darwin 'roubou' a idéia de Blyth, um criacionista?

Deixo com os leitores e outros interessados nesta controvérsia que leiam, não somente o blog de William Dembski, Denyse O'Leary e amigos, mas todos os artigos de Andrew J. Bradbury e tirem suas conclusões.

A historiografia [ou é hagiografia?] de Darwin vai ter que responder a essas sérias questões onde a integridade moral de Darwin é colocada em cheque.

A tese de Loren Eiseley (1907-1977), é intrigante, mas foi sutilmente esquecida pelos historiadores. Por quê? Afinal de contas, Eiseley, além de evolucionista, foi chefe do Departamento de Antropologia na Universidade da Pensilvânia, presidente do Instituto Americano de Paleontologia Humana antes de se tornar reitor daquela universidade: um 'scholar' excelente. Ele publicou vários livros sobre Darwin: Charles Darwin, Darwin’s Century, e Darwin and the Mysterious Mr. X: New Light on the Evolutionists.

Fui, com uma baita pulga na orelha...

[1] "... there is a natural feeling (among scientists) that one of the greatest of our figures should not be dissected, at least by one of us", citado in Darwin and the Mysterious Mr. X, Loren Eiseley, Londres, J. M. Dent & Sons,1979.

Por que os editores [de ciência] devem ousar serem imbecis

sexta-feira, agosto 25, 2006

NOTA BENE: Este artigo descreve em parte o comportamento dos jornalistas e a discussão sobre as insuficiências epistêmicas das atuais teorias da origem e evolução da vida e do universo que mantive e mantenho com os editores de ciência da Grande Mídia Tupiniquim. Que o mesmo ocorre nos Estados Unidos substancia lá fora a minha tese de que há uma relação incestuosa da mídia com a Nomenklatura científica quando a questão é Darwin.

Por que os editores [de ciência] devem ousar serem imbecis

por K.C. Cole

Como muitos repórteres que dão furos jornalísticos, os jornalistas de ciência gastam um bom tempo educando seus editores sobre as peculiaridades de suas áreas, e de um modo geral essas trocas não somente são iluminadoras, mas finalmente vão dar em melhores histórias. Mas há um lugar onde nós batemos numa parede.

Não, não é que os editores não sejam bastante inteligentes para entender a ciência. Na verdade, é o oposto: eles estão muito acostumados em serem inteligentes, e assim não podem lidar com o fato de que eles não entendem isso. E porque eles ficam desconfortáveis sentindo-se confusos, os leitores são deixados no escuro sobre um universo de pesquisa que evita a explicação fácil.

Eu estava discutindo este problema recentemente com um colega que tinha batido sua cabeça contra a parede por meses tentando conseguir uma história sobre uma misteriosa “força escura” em cosmologia dos antigos editores no The New Yorker: “Eles ficavam dizendo que não entendiam isso!”, ele reclamou. Bem, é claro que eles não entenderam isso. Ninguém entende isso. É isso exatamente que o faz tão interessante.

Em ciência, sentir-se confuso é essencial para o progresso. Uma indisposição para sentir-se perdido, na verdade, pode deixar inerte a criatividade no seu curso. Um matemático certa vez me disse que ele pensava ser esta a razão por que os jovens matemáticos fazem as grandes descobertas. A matemática pode ser [uma matéria] difícil, mesmo para os maiores crânios por aí. Os matemáticos podem gastar horas só tentando decifrar uma seqüência de equações. Enquanto isso, eles se sentem bobos e inadequados. Então um dia, esses jovens matemáticos se estabelecem, tornam-se professores [universitários], ganham secretárias e escritórios. Eles não querem mais parecer estúpidos. E eles param de fazer grande trabalho.

De certo modo, você não pode culpar realmente os cientistas ou os editores por recuarem. Tropeçar por aí no escuro pode ser perigosos. “Por sua própria natureza, a orla do conhecimento é ao mesmo tempo a orla da ignorância”, como disse um cosmólogo. “Muitos que a visitaram foram cortados e sangrados pela experiência”.

Além do mais, a razão de ser tão revigorante é que os leitores de histórias da ciência não parecem se importar um pouco de confusão — mesmo quando o assunto seja difícil ou contra a intuição: espaço de dez dimensões, por exemplo, ou fósseis de "bichinhos" de três metros que nadaram para fora do mar há 480 milhões de anos atrás.

Cada escritor científico que eu conheço tem tido a experiência de leitores abordando-os e dizendo: “Puxa vida, foi fascinante; eu não entendi, mas eu fiquei pensando sobre isso o dia todo”. Os leitores freqüentemente perguntam sobre livros onde eles podem ler mais a respeito de um assunto, ou até as fontes primárias.

Os editores, todavia, parecem absorver a dificuldade diferentemente. Se eles não entendem algo, eles freqüentemente acham que aquilo não pode estar certo — ou que não vale a pena escrever a respeito. Ou os escritores não estão claros (que, é claro, pode ser o caso), ou os cientistas não sabem do que eles estão falando (em alguns casos, uma suposição).

Por que a diferença? A minha teoria é que os editores de jornais e de outros periódicos importantes não qualquer tipo de gente. Eles tendem ser pessoas bem realizadas. Eles estão acostumados a serem os caras mais inteligentes na sala. Assim, a ciência os deixa embaraçados. E porque eles não podem ser dar ao luxo de parecerem idiotas, a cobertura da ciência sofre.

Então, o que diz respeito à ciência que os deixa desconfortáveis? Certamente que é mais do que óbvio o fato de que é difícil entender coisas que não são (ainda) compreendidas. Em ciência, pode ser tão difícil entender o que é entendido. A [teoria da] relatividade e a mecânica quântica tem andado por aí por quase um século, mas ainda assim elas permanecem confusas em algum sentido mesmo até para aqueles que compreendem bem essas teorias. Nós sabemos que elas estão corretas porque elas foram testadas rigorosamente de muitas maneiras. Mas elas ainda não fazem sentido.

Por outro lado, por que elas deveriam fazer sentido? Os humanos evoluíram para procriar, comer, e evitar serem comidos. O fato que nós aprendemos a entender sobre o que são os átomos, ou o que o universo estava fazendo a um nanosegundo após o seu nascimento é literalmente incrível. Mas o universo não se importa o que nós podemos ou não crer. Ele não fala a nossa língua, assim, não há razão [por que] deveria “fazer sentido”.
É por isso que a ciência depende da evidência.

Na verdade, este é um ponto no qual o pessoal do Design Inteligente tem razão. É insondável que formas de vida complexas evoluíram em pequenos acréscimos ao longo do tempo através de mutação aleatória e seleção natural — que os nossos ancestrais são bactérias e os peixes são os nossos irmãos.

Apesar disso, nós sabemos que aconteceu porque nós temos múltiplas linhas de evidência: o registro fóssil, o DNA, a morfologia, a embriologia e assim por diante [N. deste blogger: são justamente essas áreas onde a teoria geral da evolução tem dificuldades insuperáveis – a autora do artigo repete o 'mantra' da Nomenklatura científica]. (Nós até podemos ver a evolução em ação bem diante de nossos narizes. Se nós não pudéssemos ver, nós não estaríamos nos preocupando com a gripe aviária.) [N. deste blogger: a autora parece não entender muito de teoria geral da evolução – o vírus continuou vírus, não transmutou em outro objeto biótico, que é o que propõe a TGE]. Mas fazer de conta que a evolução “faz sentido” em algum sentido comum presta um desserviço aos nossos leitores (e muito freqüentemente leva os jornalistas a negligenciarem totalmente a evidência).

A ciência também confunde as nossas mentes de muitas outras maneiras. Por exemplo, muito da ciência lida essencialmente com coisas invisíveis. Uma vez eu tive a maior dificuldade em convencer um editor sobre a realidade do espaço-tempo curvo (a explicação de gravidade de Einstein bem testada) porque ela disse, "Você não pode vê-la”. Na verdade, você pode vê-lo — entre outras coisas, através de lentes "gravitacionais" que curvam a luz do modo como fazem as lentes numa câmera fotográfica.

A ciência é inatamente incerta. O que faz a ciência forte é que essas incertezas estão lá fora, detalhadas e quantificadas.

É essencial saber não somente o que os cientistas sabem, mas também o que eles sabem que não sabem. Isso é um conceito não familiar para editores acostumados a lidar com a política e esportes.

E depois há o fato de que os dados são sempre, até certo ponto, ambíguos. Traduzir o comportamento de retrovírus ou de supercondutores em palavra demanda muita interpretação — até para cientistas. Pode haver mais de uma resposta correta. Ou nenhuma descrição na linguagem leiga pode ser capaz de fazer justiça ao assunto à mão.

Por todas essas e mais razões, bons jornalistas científicos sabem que se eles não estiverem lidando com um assunto que os deixa tontos, provavelmente eles não estão fazendo o trabalho deles.

Os melhores editores entendem tudo isso. Quanto ao resto, talvez o Pateta tenha dito melhor: algumas vezes você só precisa “ousar em ser imbecil”.

Ex-jornalista científica do Los Angeles Times, K.C. Cole ensina jornalismo científico na University of Southern California. Seu último livro é Mind Over Matter: Conversations with the Cosmos [A Mente considerando a Matéria: Conversas com o Cosmos].

Mais uma controvérsia no arraial de nhô Darwin!

Isto saiu na edição de agosto de 2006 da publicação científica TREE.

A Nomenklatura científica e a Grande Mídia Internacional e Tupiniquim ainda têm a cara de pau de dizer que não há controvérsia sobre as idéias de Darwin!

Mantive o texto em inglês porque não tenho muito tempo disponível, e postado aqui tendo em mente os membros da Academia que falam, lêem e escrevem em inglês.

Review
The merits of neutral theory

David Alonso1, , Rampal S. Etienne2 and Alan J. McKane3

1Ecology and Evolutionary Biology, University of Michigan, 830 North University Av., Ann Arbor, MI 48109-1048, USA

2Community and Conservation Ecology Group, University of Groningen, PO Box 14, 9750 AA Haren, The Netherlands

3Theory Group, School of Physics and Astronomy, University of Manchester, Manchester, M13 9PL, UK

Available online 12 June 2006.

Hubbell's neutral theory of biodiversity has challenged the classic niche-based view of ecological community structure. Although there have been many attempts to falsify Hubbell's theory, we argue that falsification should not lead to rejection, because there is more to the theory than neutrality alone. Much of the criticism has focused on the neutrality assumption without full appreciation of other relevant aspects of the theory. Here, we emphasize that neutral theory is also a stochastic theory, a sampling theory and a dispersal-limited theory. These important additional features should be retained in future theoretical developments of community ecology.

Article Outline

The entangled bank
Neutral theory is an ideal theory
Neutrality assumption
An individual-based stochastic dynamical theory
A dispersal-limited sampling theory
Recent developments and prospects
Concluding remarks
Acknowledgements
Glossary
References

The entangled bank

‘When we look at the plants and bushes clothing an entangled bank, we are tempted to attribute their proportional numbers and kinds to what we call chance. But how false a view is this!’. In this statement, Darwin clearly summarized his philosophical position: there is no place for stochasticity in population biology [1]. In 2001, Stephen Hubbell [2], after more than 25 years working on population and community ecology of tree species in tropical forests, presented an explanatory theory that is formulated entirely in terms of chance. Given that On the Origin of Species by means of Natural Selection [1] is one of the most influential scientific books ever written, it is no wonder that Hubbell's ideas have generated so much controversy among ecologists 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 and 10.

Here, we do not enter into a philosophical discussion of the nature and origins of randomness in the world around us, but instead take an operational approach and argue why chance should be taken into account in any attempt to gain insight in the structure and functioning of ecological communities 11 and 12. We discuss the ability of neutral theory to generate new insights in community ecology, which, in the end, might not support neutrality. We also discuss the limitations and potential application of neutral ideas to biodiversity assessment in empirical settings.

Neutral theory is an ideal theory
Most previous articles on neutral theory highlight its failure to capture the complexity of ecological communities 5, 13, 14 and 15. However, here, we emphasize its merits and argue that neutral theory in ecology is a first approximation to reality. Ideal gases do not exist, neither do neutral communities. Similar to the kinetic theory of ideal gases in physics, neutral theory is a basic theory that provides the essential ingredients to further explore theories that involve more complex assumptions 16 and 17.

What are the essential ingredients of neutral theory? First, and foremost, it is a neutral theory in that the interactions among species are assumed to be equivalent on an individual ‘per capita’ basis [2]. Second, it is a stochastic theory, based on mechanistic assumptions about the processes controlling the origin and interaction of biological populations at the individual level (i.e. speciation, birth, death and migration). Because interactions are assumed to operate at the individual level, but the regularities that we would like to explain are truly macroscopic, this feature is reminiscent of the statistical thermodynamics approach in physics 2, 18 and 19. Third, it is a sampling theory: because it is built upon the sampling theory of selectively neutral alleles in population genetics [20], the sampling nature of the theory is guaranteed. In this way, we interact with the system under study through the sampling process and obtain measures in our sampling that are related to those in the real system in a particular way clearly specified by the theory. Fourth, and most innovatively, it is a dispersal-assembled theory [2]. This means that dispersal is assumed to have a leading role in structuring ecological communities. However, dispersal and sampling are intertwined and a nonrandom way of sampling can be formulated that incorporates dispersal limitation [17] (see Glossary).

The originality of Hubbell's neutral theory lies in the combination of the fact that it (i) assumes equivalence among interacting species; (ii) is an individual-based stochastic theory; and (iii) can be formulated as a dispersal-limited sampling theory. Previous formulations of neutral theory lacked some of these aspects and no niche-based dynamical theory for ecological communities has been formulated as a sampling theory from scratch. Here, we discuss the relevance and limitations of each of these features.

Neutrality assumption

At the beginning of the 20th century, communities were viewed as a superorganism that develops in a particular and fixed way to form a well-established climax community [21]. A community is then a group of species whose competitive interaction strengths are determined by their niche overlaps, and new species originate through adaptation to new niches. This view was challenged by MacArthur and Wilson with their equilibrium theory of island biogeography [22], which was extended by Hubbell [2].
The importance of random mutations and genetic drift was formalized as the neutral theory in population genetics by Kimura and Crow [23]. As reviewed elsewhere [24], these ideas readily found an ecological interpretation (Box 1). Although Watterson [25], Caswell [26] and Leigh and co-workers [27] had already translated neutral models from population genetics into community ecology, Hubbell's [2] original intuition was that, in addition to neutral drift, random dispersal is the main factor controlling the assembly of ecological communities. Migration had also been studied in population genetics, but had never taken such a prominent role as in Hubbell's theory.

Por que devemos revisar ou descartar de vez o neodarwinismo como teoria científica?

Gerd B. Mueller e Stuart Newman, editores do livro Origination of Organismal Form: Beyond the Gene in Developmental and Evolutionary Biology, publicado pela renomada MIT Press, destacam no seu capítulo de introdução que o neodarwinismo no final do século 20 focou demais nas características das variações e na genética das populações que simplesmente IGNOROU a origem das morfologias. Embora eles não usem o termo, essencialmente o livro afirma que a biologia evolutiva focou quase que EXCLUSIVAMENTE na MICROEVOLUÇÃO e nada fez em explicar a MACROEVOLUÇÃO.

Para os céticos localizados [os cucas frescas] e os céticos globalizados [os cabeças-duras] duas citações do livro:

“É objetivo do presente volume elaborar sobre esta distinção entre a originação (inovação) e a diversificação (variação) da forma focalizando na pluralidade [sic] de fatores causais responsáveis pelo primeiro, aspecto relativamente negligenciado [sic], a origem da forma organismal. Falha em incorporar este aspecto representa uma das principais lacunas na teoria canônica da evolução [SIC!!!], ela sendo bem distinta dos tópicos com os quais a genética da população ou genética do desenvolvimento está principalmente interessada.” [1]

“Em outras palavras, o neodarwinismo não tem uma teoria gerativa” [SIC!!!] [2]

Neste livro há muito mais admissões bem cândidas de que o neodarwinismo simplesmente FALHOU em responder toda questão importante, NOTA BENEo neodarwinismo simplesmente FALHOU em responder toda questão importante sobre a MACROEVOLUÇÃO [os editores não usam este termo).

Desde 1998 este blogger vem levantando a necessidade de revisão ou simplesmente descarte do neodarwinismo como teoria científica. Já fui chamado de muitas coisas, mas parece que as evidências encontradas na natureza vão provar que este simples 'professor do ensino médio' * , 'um simples tradutor científico', 'o anta do Enézio', estava e está com a razão – chegou a hora de dizer adeus a Darwin!

Atenção Grande Mídia Tupiniquim – vocês vão quebrar a cara, porque a História da Ciência vai registrar que vocês sabiam disso desde 1998 [especialmente a editoria de ciência da Folha de São Paulo] e, acovardados, nunca levantaram esta questão com seriedade, objetividade, imparcialidade e honestidade jornalística.

Atenção Nomenklatura científica – alguns de vocês aqui no Brasil já falam em 'processo de modificação' do neodarwinismo. Sinal de que o pôster apresentado por este blogger na V São Paulo Research Conference"Uma Iminente Mudança Paradigmática em Biologia Evolutiva?" está sendo vindicado aos poucos.

Pieckzarka [UFPA], Fabrício Santos [UFMG], Paprocki [PUC-MG], muito obrigado pelo diálogo sobre esta controvérsia. Aprendi muito com vocês. Obrigado José Monserrat Filho, editor do JC e-mail, por ter dado espaço para algumas críticas naquela newsletter online. Quem diria, 'um simples professor de ensino médio'...

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* Não tenho vergonha de ter sido professor do ensino médio. Tenho os professores em alta estima e pena que hoje eles recebam tão pouco – já foram muito importantes neste Brasil e já ganharam quase igual aos juízes. Acredito que na escala de valoração os professores valham igual ou muito mais do que os juízes, por uma simples razão – é muito mais fácil sentenciar bandidos do que formar cidadãos. Mandar alguém pra cadeia é mais fácil do que formar uma nação.

[1] “It is the aim of the present volume to elaborate on this distinction between the origination (innovation) and the diversification (variation) of form by focusing on the plurality of causal factors responsible for the former, relatively neglected aspect, the origination of organismal form. Failure to incorporate this aspect represents one of he major gaps in the canonical theory of evolution, it being quite distinct from the topics with w hich population genetics or developmental genetics is primarily concerned.” (p. 4)

[2] “In other words, neo-Darwinism has no theory of the generative.” (p. 7)

Uma viagem cósmica e celular - Design Inteligente puro!

quinta-feira, agosto 24, 2006

Clique aqui em Secret Worlds: The Universe Within

Façam uma boa viagem pelo Cosmos e uma célula!

Design Inteligente para convencer todos os céticos globalizados ['cabeças-duras'].

Os artigos podem ser enviados por e-mail

quarta-feira, agosto 23, 2006

Agora os leitores deste blog podem enviar por e-mail aos seus amigos e demais pessoas interessadas nesta controvérsia todos os artigos postados neste blog. Basta clicar no envelope e seguir as intruções.

Obrigado por participar desta revolução paradigmática em ciência!

Mais evidência de design inteligente do que isso, impossível!

terça-feira, agosto 22, 2006

O ceticismo é uma coisa boa em ciência. Há dois tipos de ceticismo: localizado e globalizado. O ceticismo localizado duvida, faz perguntas e quando obtém respostas convincentes, muda de opinião convencido pela lógica coerente do argumento e das evidências encontradas. O ceticismo globalizado não é uma coisa boa em ciência porque faz perguntas, mas rejeita o que diz a evidência quando contraria a sua cosmovisão. Geralmente o ceticismo globalizado diz que o design encontrado na natureza é aparente, uma ilusão, e não pode ser empiricamente detectado.



Para os meus amigos céticos localizados na academia, darwinistas sinceros e honestos [são raros, mas ainda existem nas universidades] isso talvez até provoque neles uma metanoia epistemológica em relação ao Design Inteligente. Para os céticos globalizados na Academia, ultradarwinistas fundamentalistas [são muitos nas universidades], isso talvez nem mexa com o topos epistêmico deles, mas eis aqui uma pletora de evidências de design inteligente em ação na natureza:

GRAHAM JOHNSON MEDICAL MEDIA

Darwin disse: "Se se pudesse demonstrar a existência de algum órgão complexo que não pudesse de maneira alguma ser formado através de modificações ligeiras, sucessivas e numerosas, minha teoria ruiria inteiramente por terra". [1]

O que você nesse site indicado por este blogger, poderia ser realmente 'construído' pelo processo gradualista darwiniano, mesmo que ao longo de bilhões e bilhões de anos?

Mais evidência de design inteligente do que isso, impossível!

[1] DARWIN, C. Origem das Espécies. Tradução de Eugênio Amado. Belo Horizonte, Villa Rica, 1994, p. 161.

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N. deste Blogger: Descobri que esta é a edição preferida e adotada pela Academia tupiniquim para os trabalhos acadêmicos feitos pelos alunos, em detrimento à traduzida por Eduardo Fonseca e publicada pela Hemus Editora Limitada, São Paulo, 5ª. ed. s.d.

Razão dessa preferência? Ouvi de vários professores universitários: a tradução é péssima! Contudo, a tradução da Hemus Editora contém o cap. 7 reescrito por Darwin tentando responder às sérias objeções levantadas por Mivart à sua teoria da seleção natural.

Mesmo que a tradução seja sofrível, agora eu fiquei em estado de apoplexia lógica querendo entender o que alguns desses professores universitários disseram a respeito da 6ª. edição – "Por ter sido revisada, ela espelha melhor o pensamento do autor". Ora, então por que não é adotada nas universidades?

Explico – ela não é adotada porque não querem que um número maior de pessoas esclarecida fique sabendo que a rejeição às especulações transformistas de Darwin não foi somente um fenômeno religioso, mas científico. Ela se deu também na Academia. A pouca merreca acadêmica de Mivart: F.R.S. [Fellow of the Royal Society]!

Status epistêmico sobre a evolução humana: não temos teoria e nem idéia de quem seja nosso ancestral!

segunda-feira, agosto 21, 2006

Atenção alunos do ensino médio: de volta às aulas, não se deixem enganar sobre a evolução humana conforme descrita nos seus livros-textos de biologia – eles não apresentam esta questão cientificamente objetiva, próximo de uma verdade científica e isenta de subjetividade ideológica. O que você encontra ali é mais uma das 'estórias do faz-de-conta' do naturalismo filosófico. Desonestidade acadêmica, pois não é educação, é doutrinação no materialismo filosófico mascarado de ciência!

"O campo da paleoantropologia naturalmente excita interesse por causa de nosso próprio interesse nas origens. E, porque as conclusões de significância emocional para muitos devem ser tiradas de evidência extremamente insignificante, freqüentemente é difícil separar o pessoal das disputas científicas que estão grassando na área.
[...]
A principal evidência científica é uma pequena disposição de ossos desprezíveis com os quais se constrói a história evolutiva do homem. Um antropólogo comparou a tarefa com aquela de reconstruir a trama de "Guerra e Paz" [Leon Tolstoi] com 13 páginas aleatoriamente selecionadas. Os conflitos tendem a durar mais tempo porque é tão difícil encontrar evidência conclusiva para mandar um pacote de teoria". [1]

Agüenta firme que vem mais anúncio? Não, NITROGLICERINA PURA!

Por serem tão esparsos e difíceis interpretar esses dados, Richard Lewontin, zoólogo evolucionista da Universidade de Harvard, disse que é difícil identificar os fósseis que podem ser aceitos universalmente como ancestrais diretos da espécie humana:

"Quando nós consideramos o passado remoto, antes da origem da espécie verdadeira do Homo sapiens, nós nos deparamos com um registro fóssil fragmentário e desconectado. Apesar das afirmações alvoroçadas e otimistas que têm sido feitas por alguns paleontólogos, nenhum fóssil de espécies hominídeas pode ser estabelecido como nosso ancestral direto.
[...]

As formas mais antigas que são reconhecidas como sendo hominídeas são os fósseis famosos, associados com ferramentas de pedra primitiva, que foram descobertos por Mary e Louis Leakey no desfiladeiro de Olduvai e em outros locais na África. Esses fósseis de hominídeos viveram mais de 1.5 milhões de anos atrás e tinham cérebros metade do tamanho dos nossos. Eles certamente não eram membros de nossa própria espécie, e nós não temos nem idéia se eles estavam em nossa linhagem ancestral direta ou apenas numa linhagem paralela de descendência parecendo com o ancestral direto". [2]

[1] HOLDEN, Constance. "The Politics of Paleoanthropology," Science, p.737, August 14, 1981.
[2] LEWONTIN, Richard C., Human Diversity, Scientific American Library, New York, 1995, p.163.

Jerry Coyne, falou e disse: como ciência, a física é superior à biologia evolutiva!

domingo, agosto 20, 2006

“Na ordem decrescente da ciência, a biologia evolutiva está escondida em algum lugar bem perto do fundo, mais próxima da frenologia do que da física”.

Uai, e eu que pensei que as afirmações deste tipo fossem feitas somente por criacionistas, pela turma nefasta do Design Inteligente, e por aqueles que não sabem o que é ciência, pelos que acreditam na Terra plana...

A pouca merreca acadêmica do Jerry Coyne é que ele é biólogo evolucionista e professor de Biologia na não menos famosa Universidade de Chicago...

Para pensar cum granum salis: o DNA é apenas o meio, não é a mensagem!

Afinal de contas – a hereditariedade é 'transmitida' fisicamente ou é 'informação'?

Aqui os darwinistas (e até mesmo todos os evolucionistas) laboraram e ainda laboram em erro quando presumiram e presumem que a 'herança' transmitida era 'física', quando na verdade ela é 'informação pura':

"Os biólogos evolucionistas falharam em perceberem que eles trabalham com dois domínios mais ou menos incomensuráveis: o da informação e o da matéria. ... Esses dois domínios nunca serão reunidos em nenhum tipo do sentido geralmente subentendido pelo termo 'reducionismo'.

Você pode falar de galáxias e partículas de poeira nos mesmo termos, porque as duas têm massa, carga, comprimento e largura. Você não pode fazer isso com a informação e a matéria. A informação não tem massa, carga ou comprimento em milímetros. Do mesmo modo, a matéria não tem bytes. Você não pode medir o ouro em tantos bytes. Ele não tem a redundância, ou a fidelidade, ou qualquer um dos outros designadores que nós aplicamos em informação.

Esta falta de designadores comuns faz da matéria e da informação dois domínios separados de existência, que devem ser discutidos separadamente, em seus próprios termos".

O gene é um pacote de informação, não é um objeto. O padrão de pares de bases numa molécula de DNA especifica o gene. Mas a molécula do DNA é o meio, não é a mensagem. Mantendo-se esta distinção entre o meio e a mensagem é absolutamente indispensável para a clareza de pensamento sobre a evolução". [1]

Senhores, vamos começar a fazer esta distinção entre 'meio' e 'mensagem' na biologia evolutiva? Fazendo isso, o pensamento sobre a evolução fica mais claro. Que tal começar pela busca da origem da informação biológica?

Se Darwin fosse vivo hoje, será que o seu livro seria intitulado assim: "A Origem da Informação Biológica"? Daria ele conta de elaborar uma verdadeira teoria científica da informação biológica???

Está mais do que na hora de se pensar além de Darwin. Que falta de criatividade de mentes prodigiosas irem e perguntarem à natureza se é mesmo assim como muitos dizem dogmaticamente ser, mas que nós nunca vemos – a transmutação das espécies. Razão? Isso demanda muita informação genética.

[1] WILLIAMS, G.C., "A Package of Information", in Brockman J., "The Third Culture", [1995], New York, Touchstone, 1996, p.43.

Ernst Mayr 'falou e disse' - a teoria da seleção não pode fazer predições confiáveis!


Ernst Mayr admitiu certa vez que "A teoria da seleção natural...não pode fazer predições confiáveis, a não ser através de tais afirmações triviais e circulares [sic]:

"O Problema de Predição. O terceiro grande problema [?] de causalidade em biologia é aquele de predição. Numa teoria clássica de causalidade o critério da excelência de uma explanação causal foi o seu valor preditivo. Esta visão ainda é mantida no exemplo moderno clássico em Bunge (1959): 'Uma teoria pode predizer até onde ela pode descrever e explicar'. É evidente que Bunge é um físico [Mayr que me desculpe, mas olha aí a inveja explícita dos biólogos em relação à física como uma teoria científica mais confirmada pelas evidências]; nenhum biólogo teria feito tal afirmação [Por que não, Mayr? Um biólogo comprometido com a verdade científica, não faria esta pergunta?]. A teoria da evolução pode descrever e explicar fenômenos com precisão considerável, mas não pode fazer predições confiáveis, a não ser através de tais afirmações triviais e sem-sentido como, por exemplo: 'Os indivíduos mais aptos em média deixarão mais descendência' [Tautologia!]. Scriven (1959) enfatizou bem corretamente que uma das mais importantes contribuições para a filosofia feita pela teoria evolutiva é que ela tem demonstrado a independência da explicação e da predição" [1]

Por favor, me belisquem, pois acho que estou sofrendo de apoplexia lógica – Mayr cita Scriven dizendo que 'uma das mais importantes contribuições para a filosofia feita pela teoria evolutiva é que ela tem demonstrado a independência da explicação e da predição'? É isso mesmo? E ainda têm a cara de pau de afirmar que é a turma nefasta do Design Inteligente que quer mudar o conceito de ciência. Por afirmações dessas do 'Darwin do século 20', eu cada vez mais vou me tornando cético da suficiência epistêmica de uma teoria que não é capaz de explicar e predizer.

Creio que Popper estava correto ao afirmar que o darwinismo nada mais é do que um projeto metafísico... Popper não exagerou, pois Darwin acertou no varejo [Teoria Especial da Evolução – processos microevolutivos] e errou no atacado [Teoria Geral da Evolução – processos macroevolutivos]. Mayr disse também que 'a teoria da seleção natural...não pode fazer predições confiáveis, a não ser através de tais afirmações triviais e circulares'. Aqui nós não temos uma teoria suficientemente científica, mas uma grande estória de faz de conta do naturalismo filosófico...

Senhores, já está mais do que na hora de uma mudança paradigmática. Ciao, Darwin! Va bene! Bambino, resquiescat in pace na Abadia de Westminster!

[1] Mayr E.W., "Toward a New Philosophy of Biology: Observations of an Evolutionist," [reimpressão de Mayr E.W., "Cause and effect in biology," Science, Vol. 134, 1961, pp.1501-1506, Harvard University Press, Cambridge, MA, 1988, pp.31-32.

Feyerabend ‘falou e disse’: antigas idéias ridículas hoje fazem parte de nosso conhecimento!


“Muitas idéias consideradas um vez totalmente ridículas são agora partes sólidas de nosso conhecimento. Assim, a idéia de que a Terra se move foi rejeitada na antigüidade porque ela discordava dos fatos e da melhor teoria de movimento então disponível; uma revisão, baseada numa dinâmica diferente, menos empírica e na ocasião altamente especulativa convenceu os cientistas que ela tinha sido correta afinal. Ela os convenceu porque eles não eram tão desfavoráveis à especulação como tinham sido seus predecessores aristotélicos. A teoria atômica foi atacada freqüentemente, tanto por razões teóricas e empíricas; durante o segundo terço do século 19 alguns cientistas a consideraram completamente obsoleta; mesmo assim ela foi reavivada por argumentos engenhosos e ela agora é uma base de física, química e biologia. A história da ciência está cheia de teorias que foram declaradas mortas, depois ressuscitadas, depois declaradas mortas novamente só para celebrar um triunfante retorno. Faz sentido preservar pontos de vista imperfeitos para possível uso futuro. A história das idéias, métodos e preconceitos são uma parte importante da contínua prática da ciência, e essa prática pode mudar de direção de modos surpreendentes”. [1][Ênfase deste blogger]

A tese do design já vem lá dos gregos antigos e pagãos... Eu gostaria muito de ver esta 'prática feyerabendiana' da ciência 'poder mudar de direção de modos surpreendente' quando acolher a Teoria do Design Inteligente como teoria científica...

[1] FEYERABEND, Paul. Farewell to Reason (pp. 32-33).

Corrigindo a Charber Niño El-Hani quanto à grafia do DI

domingo, agosto 13, 2006

O renomado biólogo evolucionista Charber Niño El-Hani, da Universidade Federal da Bahia, vai abordar numa mesa redonda do IV Encontro de Filosofia e História da Biologia, na Universidade Presbiteriana Mackenzie, no dia 17 de agosto o seguinte tema:

"Evolução das formas orgânicas: modularidade, desígnio inteligente e outras controvérsias".

Como Mayr, El-Hani é quem delineia o darwinismo aqui no Brasil, mas corrijo aqui o eminente biólogo quanto à grafia já adotada pelo movimento do DI no Brasil – não é 'desígnio inteligente', mas sim 'design inteligente'. Grafia até já acolhida pela nossa Grande Mídia. Por que a grafia de El-Hani e de outros autores menos versados na controvérsia está errada?

A teoria do Design Inteligente, e talvez El-Hani não saiba disso [leitura do DI enviesada pelo naturalismo filosófico?] é a ciência que estuda 'sinais de inteligência'. Um sinal não é a coisa significada. A TDI não tenta [e nem pode] entrar na mente de um designer e dizer o que um designer está pensando.

O foco epistêmico da TDI não é a mente de um designer (a coisa significada), mas ao artefato devido à mente do designer (o sinal). Os processos de pensamento do designer estão fora do escopo da TDI. Como um programa de pesquisa científica, a TDI investiga somente os 'efeitos de inteligência' e não da 'inteligência' per se.

Além disso, nós afirmamos que certos eventos do universo são melhor explicados por 'causas inteligentes' e não somente por 'causas naturais' [acaso e necessidade], o design que a Nomenklatura científica teima em afirmar ser 'aparente', uma 'ilusão', nós afirmamos ser detectado empiricamente na natureza por meio da 'complexidade irredutível' de certos sistemas biológicos [Michael Behe, 'A Caixa Preta de Darwin', Rio de Janeiro, Zahar, 1997] e pela 'complexidade especificada de informação' como assinatura de 'inteligência' [William Dembski, 'The Design Inference – Eliminating Chance Through Small Probabilities', Cambridge, Cambridge University Press, 2000 – um livro revisto por pares!!!].

Agora a Nomenklatura científica tupiniquim não vai poder dizer que o DI não é uma 'controvérsia' sendo discutida academicamente em nossa taba. O que é lastimável é que nesse encontro a TDI vai ser debatida, mas nós não fomos convidados para apresentar o que propomos e defendemos.

Situação epistemológica 'Catch-22' de El-Hani: ao debater intramuros o DI de forma unilateral em nada contribui para esta 'controvérsia', mas abordar o DI dessa maneira é como tenta bater palmas apenas com uma das mãos...

El-Hani, vou lá conferir, mas provavelmente vou ouvir o mesmo 'mantra ultradarwinista': a TDI é 'criacionismo disfarçado num smoking barato'. A TDI não é ciência. Nada mais falso. Não sermos convidados até hoje para expormos nossas idéias, sem as sanções do patrulhamento ideológico e de não colocar carreiras acadêmicas em jogo, prova tão-somente uma coisa: a Nomenklatura científica está blindando as atuais teorias da origem e evolução da vida de coisa mais séria e há muita mais em jogo – perda de status acadêmico, por exemplo. E 'otras cositas mas' como laborar em vazio epistemológico há mais de um quarto de século...

Em tempo – até hoje ninguém falseou a tese de Behe, e aqui na taba tupiniquim ninguém ainda lidou com as teses de Dembski...

Os Estados Unidos ficam mesmo atrás da Europa e Japão na aceitação da evolução?

sábado, agosto 12, 2006

Este blog é para ser lido comparando a notícia veiculada no jornal "O Estado de São Paulo", conforme o link do Jornal da Ciência E-Mail:

Agora vamos ao resto da história
postado sexta-feira, 11 de agosto de 2006 10:41 pm

por Mike Gene

Obrigado às pessoas no site Pandas Thumb e no blog Uncommon Descent
eu li o artigo de Ker Than intitulado, "U.S. Lags Behind Europe, Japan in Acceptance of Evolution" [Os Estados Unidos ficam atrás da Europa e Japão na aceitação da evolução].

Uma vez que sou muito familiarizado com os debates Design Inteligente-Evolução, freqüentemente é muito engraçado ler os artigos da grande mídia porque eles omitem tipicamente o contexto mais interessante. O artigo de Than não desaponta.

Vamos considerar vários trechos do artigo de Than e depois vamos considerá-lo um pouco mais profundamente.

A análise descobriu que os americanos com crenças religiosas fundamentalista — definida como a crença num controle divino substancial do universo e na eficácia de oração freqüente — eram mais propensos a rejeitar a evolução do que os europeus com crenças semelhantes.

A descrição de Than é um pouco diferente daquela oferecida por Miller et al. no artigo deles na revista Science:

"indivíduos que têm uma forte crença num Deus pessoal e que oram freqüentemente eram significantemente menos propensos a considerar a evolução como provavelmente ou definitivamente verdade do que adultos com menos opiniões religiosas conservadoras".

"Crença num Deus pessoal" transforma-se em "crença num controle divino substancial do universo" e "oram freqüentemente" transforma-se em "a eficácia de oração freqüente".

Então, você percebe, o verdadeiro problema são todas aquelas pessoas que crêem num Deus pessoal e que oram freqüentemente.

Uma vez que nós estamos lidando com correlações, que tal se nós simplesmente a invertêssemos? Que tal se nós investigássemos a crença num Deus pessoal e oração freqüente, e fizesse a aceitação da evolução uma das variáveis? Os resultados apoiariam a alegação de Dawkins et al. de que a aceitação da evolução leva à rejeição das crenças religiosas básicas devotas e de comportamento? Miller (ou a revista Science) publicaria tal pesquisa?

"Os principais partidos políticos nos Estados Unidos são mais propensos a fazer oposição à evolução uma parte proeminente de suas campanhas para arrebanhar os votos dos conservadores — algo que não acontece na Europa ou Japão.

Miller diz que isso faz quase tanto sentido para os políticos que se opõem à evolução em suas campanhas como é para eles defenderem que a Terra é chata e prometer aprovar uma lei afirmando isso caso sejam eleitos para o cargo".

Miller não estudou campanhas políticas. Então por que ele é considerado um especialista neste tópico? Alguém pode apontar alguns exemplos onde a "oposição à evolução” desempenhou uma “parte proeminente de suas campanhas para arrebanhar os votos dos conservadores?” Nós não estamos falando aqui de questões de conselhos de escolas. Miller (ou Than) coloca isso como se os candidatos usassem a "oposição à evolução" como um componente muito visível de várias campanhas a fim de seduzir o voto conservador. Eu não me lembro de ver esta questão sendo usada tão proeminentemente desta maneira.

"Paul Meyers, um biólogo na Universidade de Minnesota, que não participou na pesquisa, diz que o que os políticos deveriam fazer é dizer - "Nós devemos submeter essas questões às autoridades qualificadas e nós devemos ter comissões de cientistas e engenheiros a quem nós abordaremos para as respostas certas".

Estourando de tanto rir! Então a propensão por oligarquias de Meyers salta aos olhos. É claro, ajuda lembrar aqui o que este biólogo considera ser o seu papel em moldar a comunidade de especialistas.

"Os pesquisadores também destacam a pobre compreensão dos conceitos biológicos, especialmente de genética, pelos americanos adultos como um importante fator contribuindo para a baixa confiança do país na evolução.

"Quanto mais você entende de genética, mais você entende sobre a unidade da vida e da relação que os humanos têm com as outras formas de vida", disse Miller.

A atual pesquisa também analisou os resultados de uma pesquisa com 10 países na qual os adultos foram testados com 10 questões de afirmações verdadeiras ou falsas sobre conceitos básicos de genética. Os americanos tiveram uma nota média de 4 respostas certas em 10".

Quando eu li isso primeiro, eu pensei com os meus botões que isso é uma observação sem-sentido. Quais foram as notas médias nos outros nove países? Por exemplo, elas não deveriam ser mais altas na França? Mas, ah, considere o que Ker Than omitiu no seu artigo. Eis aqui um trecho do artigo de Miller na revista Science:

"Embora a nota média no Index of Genetic Literacy [algo como Índice de Conhecimento Genético] foi um pouco mais alta nos Estados Unidos do que em nove países europeus combinados, os resultados de outra pesquisa sobre os Estados Unidos de 2005 mostra que um número substancial de americanos adultos estão confusos sobre algumas das essenciais relacionadas com a biologia dos séculos 20 e 21".

Você percebeu isso? A nota média no Index of Genetic Literacy [Índice de Conhecimento Genético] foi um pouco maior nos Estados Unidos do que nos nove países europeus juntos! Miller obscurece este fato ao argumentar em seguida que os americanos não são realmente inteligentes em biologia, ao mesmo tempo em que se abstém de fazer tais comentários sobre os próprios países europeus que tiveram piores notas. Mas o fato permanece que os americanos tiveram melhores notas no Index of Genetic Literacy [Índice de Conhecimento Genético] mas as suas notas foram pinçadas para argumentar "a pobre compreensão dos conceitos biológicos, especialmente de genética, pelos americanos adultos como uma importante fator contribuindo para a baixa confiança do país na evolução".

Pulando adiante, nós encontramos isto:

"[Eugenie] Scott disse que uma coisa que ajudará é fazer com que católicos e os protestantes de denominações importantes falem sobre a aceitação da evolução em suas teologias.

"Tem que haver mais abordagem do criacionismo por essas perspectivas teológicas mais moderadas," disse Scott. "Os clérigos profissionais e os teólogos que eu conheço tendem ser muito relutantes em se envolver naquele tipo de discussão 'a minha teologia versus a sua teologia, mas isso importa porque está tendo um efeito negativo no conhecimento científico americano".

Uau! Tenho a impressão que se a Scott está a algumas polegadas em culpar os católicos e os protestantes de denominações importantes em não dizerem sobre a aceitação da evolução por suas teologias! Ela deixa bem claro que eles não gostam de se envolver em batalhas teológicas com os outros crentes, mas mesmo assim, o silêncio deles está "tendo um efeito negativo no conhecimento científico americano ". Se você não é parte da solução, você é parte do problema.
Quanto ao "efeito negativo no conhecimento científico americano ", deixe-me lembrar as pessoas de algo que o mesmo Jon Miller disse há alguns meses atrás:

"Quão vergonhosamente baixo possa ser o índice de conhecimento científico de adultos nos Estados Unidos, Miller descobriu índices ainda mais baixos no Canadá, Europa, e Japão—um resultado que ele atribui principalmente aos índices baixos de matrículas nas universidades".

Eu acho que, desde que esse pequeno fato também quase que não se encaixava no tema do artigo de Than, não havia espaço para isso. Ah, mas há espaço para a lição costumeira sobre o Design Inteligente:

"A mais recente roupagem do criacionismo é o design inteligente, ou "DI", uma conjectura que afirma que certas características do mundo natural são tão complexas que elas só podem ser obra de um Ser Supremo". [Nota deste blogger - o DI não postula um Ser Supremo]

A fim de evitar confusão entre nossos leitores, nós devemos destacar que Than está apenas propagando estereótipos. Eu e outros aqui [no blog Telicthoughts] não afirmamos que “certas características do mundo natural são tão complexas que elas só podem ser obra de um Ser Supremo”.

"Scott disse que promover a incerteza sobre a evolução é tão mau quanto negá-la abertamente e que tanto o DI e o criacionismo espalham a mesma mensagem.

"Os dois estão dizendo que a evolução é má ciência, que a evolução é uma ciência fraca e inadequada, e que não pode realizar o trabalho, portanto Deus fez isso", ela disse.

Bem, eu certamente não afirmo que a evolução é "má ciência, que a evolução é uma ciência fraca e inadequada, e que não pode realizar o trabalho, portanto Deus fez isso ". Mas, se eu mencionar "DI", é isso que a mente de Scott et al. ouvem.
Finalmente, o artigo termina primeiro citando Bruce Chapman com "uma visão diferente da pesquisa".

"Uma melhor explicação para o alto percentual dos que duvidam do darwinismo na América pode ser que os cidadãos deste país são famosamente independentes e não são dados a serem enrolados por uma elite ideológica em qualquer área", disse Chapman. "Em particular, as crescentes dúvidas sobre o darwinismo indubitavelmente reflete as crescentes dúvidas entre os cientistas sobre a teoria darwiniana. Mais de 640 já assinaram uma dissensão pública e o número continua crescendo".

[Nota deste blogger: Fonte segura confirma a presença de 2 professores de universidades públicas brasileiras nesta lista, e que outros mais gostariam de assiná-la, mas temem represálias às suas carreiras acadêmicas pela Nomenklatura científica tupiniquim: INQUISIÇÃO SEM FOGUEIRAS!!!].

A partir dDeste ponto, Nick Matzke pondera com argumento sobre a lista. Muitos leitores podem ter sido distraídos por tudo aquilo, pois eu penso que pode haver algo no primeiro ponto destacado por Chapman – " os cidadãos deste país são famosamente independentes e não são dados a serem enrolados por uma elite ideológica em qualquer área". Considere o simples fato que os europeus mostram tremendamente ampla aceitação da evolução ainda que suas notas no Genetic Literacy e no conhecimento científico básico sejam menores do que as do americanos. Então, o que é responsável por esta ampla aceitação [da evolução]?

[As ênfases neste texto~são deste blogger]

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Pano rápido - parece que a rejeição à teoria geral da evolução é mundial - se as evidências encontradas na natureza não apóiam o FATO da evolução, os cientistas precisam parar de continuar contando 'estórias da carochinha' que os leigos não especializados estão ficando cada vez mais 'especialistas' nesses assuntos teóricos.

Darwin ia adorar este debate - ele que era averso a controvérsias...

Uma feliz coincidência – a polêmica Darwin versus Mivart agora no Brasil

sexta-feira, agosto 11, 2006

Estranha, muito estranha, mas extremamente auspiciosa a polêmica Darwin versus Mivart, quem diria, será finalmente objeto de estudo aqui no Brasil!

Serão dois enfoques distintos:

1) Uma comunicação pela Dra. Anna Carolina K. P. Regner – Universidade do Vale do Rio dos Sinos – São Leopoldo – RS, intitulada "A polêmica Darwin versus Mivart – uma lição em refutar objeções" – no IV Encontro de Filosofia e História de Biologia, dia 17 de agosto de 2006, na Universidade Presbiteriana Mackenzie.

2) Uma dissertação deste blogger em andamento – "Análise das críticas de Mivart à teoria da seleção natural de Darwin".

Na primeira edição do livro Origem das Espécies (1859) de Charles Darwin (1809-1882) há muitos exemplos de seleção artificial, mas sobre como a seleção natural agia, ele somente mencionou duas ilustrações imaginárias [1] no capítulo 4.

Alguns criticaram sua teoria da evolução por razões religiosas, mas vários cientistas do seu tempo a criticaram cientificamente, tanto que ele escreveu quatro capítulos tentando rebater esses críticos científicos.

Entre esses, Darwin destacou St. George Jackson Mivart (1827-1900) como um dos seus críticos mais contundentes – “o distinto biólogo”mas Mivart ficou muito mais conhecido historiograficamente por suas ‘motivações religiosas’ do que pelo rigor do seu ceticismo e críticas científicas feitas à teoria da seleção natural de Darwin.

As críticas de Mivart teriam mesmo robustez científica conforme a seleção natural foi então entendida? Por que Huxley, nas suas réplicas, ignorou amplamente essas críticas? Em quais edições do Origem das Espécies Darwin tentou responder essas críticas? Respondeu-as satisfatoriamente? Por que esta característica de Mivart foi historiograficamente eclipsada? Quais motivos (extra-científicos?) teriam contribuído para isso? Qual é o lugar correto de Mivart na ciência? Ao lado de Darwin? São perguntas que serão consideradas nesta dissertação.

[1] Foi Darwin que especificou seus exemplos como ilustrações imaginárias in Origem das Espécies, tradução em português de Eugênio Amado. Belo Horizonte/Rio de Janeiro, Villa Rica, 1994, pp. 96, 98 e 99.

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Vai ser muito bom ver qual o rumo que a historiografia de ciência tupiniquim doravante irá tomar – este blogger não fará hagiografia incensando a Darwin, mas historiografia da ciência, e pretende demonstrar que a robustez das objeções científicas feitas por Mivart à teoria da seleção natural permanecem até hoje sem respostas adequadas pela comunidade científica.

Mivart, companheiro, esse debate vai ser muito interessante! Muitas coisas há muito tempo jogadas pra debaixo do tapete historiográfico virão à tona. Pro bonum scientiae!

Quem sabe, Mivart, você não terá agora o seu devido lugar na ciência reconhecido como verdadeiro cientista que você foi e que ia aonde as evidências iam dar???

Robert Carroll responde por que a microevolução não resulta em macroevolução

Por que as aves, as abelhas, e os morcegos têm asas? Boa pergunta e boa resposta a seguir.

Robert Carroll, um evolucionista honesto e sincero, e que duvida da suficiência dos mecanismos microevolutivos em responder tais questões, perguntou:

"Podem as mudanças nos caracteres individuais, tais como a freqüência relativa dos genes para clores claras e escuras de asas de mariposas adaptando-se à poluição industrial, simplesmente serem multiplicadas ao longo do tempo e serem responsáveis pela origem das mariposas e borboletas dentro dos insetos, pela origem de insetos de artrópodes primitivos, ou pela origem dos artrópodes de organismos multicelulares primitivos? Como que nós podemos explicar a evolução gradual total de novas estruturas, como as asas dos morcegos, das aves, e das borboletas, quando a função de uma asa parcialmente evoluída é quase impossível de se conceber?" [1]

Em que mundo epistemológico vive Carroll? Favor não confundir com o outro Carroll, autor de Alice no País das Maravilhas. Carroll, o evolucionista honesto, vive no mundo das evidências encontradas na natureza, já a Nomenklatura científica, bem, essa aí vive no 'mundo da fantasia epistêmica' com estórias da carochinha...

Senhores, já está mais do que na hora de parar de contar mentiras ideológicas para os alunos nos livros didáticos e ao público não-especializado, e falar a verdade científica sobre o mistérios dos mistérios – a origem e a evolução da vida! Já chegou a hora de dizer adeus a Darwin.
Eu? Eu não sinto saudades das especulações transformistas do naturalista inglês agnóstico...

[1] CARROLL, Robert, Patterns and Processes of Vertebrate Evolution, Cambridge, Cambridge University Press, 1997, pp. 8-10.

Pierre-Paul Grassé 'falou e disse': o neodarwinismo é pseudociência!

"Através do uso e do abuso de postulados escondidos, de freqüentemente ousadas extrapolações infundadas, uma pseudociência foi criada. Está se enraizando no próprio coração da biologia e está induzindo ao erro muitos bioquímicos e biólogos, que acreditam sinceramente que a exatidão dos conceitos fundamentais tem sido demonstrada, o que não é o caso". [1]

A pouca merreca acadêmica de Grassé: ele apenas foi presidente da Acadêmica das Ciências da França, e tinha conhecimento 'enciclopédico' de zoologia segundo Dobzhansky!

E a Nomenklatura científica e a Grande Mídia Internacional e Tupiniquim têm a cara de pau de dizer que isso é 'blábláblá de criacionistas' e da 'turma perversa do Design Inteligente'...

[1] GRASSÉ, Pierre-Paul, "Evolution of Living Organisms: Evidence for a New Theory of Transformation", New York, Academic Press, 1977, p.6.

Loren Eiseley 'falou e disse': a ciência termina aceitando o que antes desprezou!

"Certamente que a ciência tem avançado. Mas quando a ciência progride, ela freqüentemente abre vastíssimos mistérios para a nossa admiração. Além disso, a ciência freqüentemente descobre que deve abandonar ou modificar o que acreditava antes. Algumas vezes, ela termina aceitando o que tinha previamente desdenhado". [1]

Uma busca no Google demonstra o quanto a Teoria do Design Inteligente, seus teóricos e proponentes são vilipendiados pelos ultradarwinistas fundamentalistas e quejandos. Pela visão de Eiseley e de Kuhn, uma mudança paradigmática envolve justamente isso – aceitar o que outrora foi desprezado.

Quem viver, verá, e eu, se estiver vivo, gostaria de ver a cara de desapontamento e de 'orfandade epistêmica' dos soldadinhos-de-chumbo de Darwin...[1] EISELEY, L.C., "The Firmament of Time", The Scientific Book Club: Londres, 1960, p.5.

Origem da vida: vestígios de um império do 'faz de conta'

segunda-feira, agosto 07, 2006

Rafael Garcia publicou um artigo no caderno Mais! da Folha de São Paulo, de 06/08/2006 intitulado "Vestígios de um império" sobre um mecanismo de correção descoberto no RNA que reforçaria seu papel de desbravador da vida no planeta Terra,descrito no estudo de Nikolay Zenkin, da Universidade Rutgers (EUA) e colegas publicado na revista "Science" da semana passada. Ele mostrou em laboratório como a RNA polimerase, a enzima que produz as cópias da molécula, interage com íons de magnésio e moléculas de água num esquema para cortar as partes erradas da do RNA acrescentadas no processo de reprodução.

Infelizmente Rafael Garcia teima em polarizar a questão como sendo "blablablá criacionista, que com freqüência recorre à falácia lógica do argumento da ignorância – tomar uma premissa como falsa por causa da ausência de provas de que ela é verdadeira".

Rafael, a questão hoje em dia, e a turma do caderno Ciência da FSP, a Grande Mídia Tupiniquim, mais a Nomenklatura científica, estão cansadas de saber – não é se as especulações das atuais teorias da origem e evolução da vida contrariam relatos de criação das tradições religiosas, mas se as evidências encontradas na natureza as apóiam ou não. Não apóiam, e estão deixando os naturalistas filosóficos – verdadeiros metafísicos – desesperados, pois não há resposta naturalista que satisfaça o rigor do método científico: Empirica empirice tratanda [As coisas empíricas são empiricamente consideradas]! Aqui nós estamos no 'império do faz de conta'!

Ainda bem que Rafael reconhece no seu texto que o trabalho de Zenkin et al. "não significa que a explicação da origem da vida esteja próxima". Ele está coberto de razão.

Para demonstrar que o trabalho de Zenkin et al ainda está longe de ser uma explicação plausível sobre a origem da vida, chamo a atenção da Nomenklatura tupiniquim para a dificuldade da questão, que não é 'blá blá blá de criacionistas' e nem da turma perversa do Design Inteligente, mas questão científica.

Quem tiver uma teoria da origem da vida mais plausível do que a atual, sugiro submeter seu trabalho à The Origin of Life Foundation e concorrer a um prêmio de US$ 1.000.000,00 (Hum milhão de dólares). As exigências epistêmicas são extremamente rigorosas. Há dois professores brasileiros como revisores: Ricardo Ferreira, Departamento de Quimica Fundamental, UFPE,[meu velho e respeitável oponente] e Romeu Cardoso Guimaraes.

Os leitores me desculpem, mas o texto segue em inglês, pois este blogger está sem tempo, pois retomou sua dissertação e não vai poder publicar freqüentemente neste blog:

The Origin-of-Life Prize ® is offered through The Gene Emergence Project ® of The Origin-of-Life Foundation, Inc. ®
life@us.net

Description and Purpose of the Prize

"The Origin-of-Life Prize" ® (hereafter called "the Prize") will be awarded for proposing a highly plausible mechanism for the spontaneous rise of genetic instructions in nature sufficient to give rise to life. To win, the explanation must be consistent with empirical biochemical, kinetic, and thermodynamic concepts as further delineated herein, and be published in a well-respected, peer-reviewed science journal(s).

The one-time Prize will be paid to the winner(s) as a twenty-year annuity in hopes of discouraging theorists' immediate retirement from productive careers. The annuity consists of $50,000.00 (U.S.) per year for twenty consecutive years, totalling one million dollars in payments.

The ability of the Foundation to underwrite these payments and to administer the Project is monitored by the well-known accounting firm of Young, Brophy & Duncan, PC, Certified Public Accountants.

Formal application by submitters is required to win. Submitters must expressly consent to abide by all terms and conditions of the Prize before judging of their paper(s) can begin.

Topic relates to: Rules for The Origin of Life Prize; The Gene Emergence Project; The Origin of Genetic Instructions Prize; Chemical Evolution; Prebiotic Evolution; Abiogenesis; Self-replication; Self-organization; Auto-catalysis; Mutual Catalysis; Abiotic Synthesis; Protobiont; Protocell; Protometabolism; Primordial Milieu; Astrobiology; Exobiology; RNA World; Protein World; Coevolution; Biopoesis; Biogenesis; Lipid world; Homochirality; Bilipid; Self-ordering; Complexity Theory; Artificial Life; Alife; Minimalist Genomes; Minimal Genomes; Code Origin; Genetic Code Theory; Protogene Theory; Minigene; Mini Gene; Clay Matrix; Mineral Adsorption; Bioinformation Theory; Semiotics; Biomessage Theory; Message Theory; SETI; Emergent Properties; Initial Gene Emergence; Biological Information Theory; Aperiodic Specified Complexity; Specified Aperiodicity; Molecular evolution; Messenger Molecules; Information Theory; Chaos Theory; Function Theory; Biofunction Theory; Instruction Theory; Linguistic Theory; Irreducible Complexity; Biopolymers; Thermophiles; GARD; Extremophiles; Hyperthermophiles; Archaea; Prokaryotes; Neural Nets; Decision Theory; Artificial Intelligence; AI; Polarized light from neutron stars.

Currently accepting submissions

Click on the table of contents on the left side of the screen for application requirements, submission forms, criteria for winning,etc.

Other than announcements in scientific journals, The Prize will not be publicly advertised in lay media. The Origin-of-Life Foundation, Inc. wishes to keep the project as quiet as possible within the scientific community. No media interviews will be granted until after the Prize is won.

Purpose of the Prize

"The Origin-of-Life Prize" ® is being offered to stimulate research into chaos, complexity, information, probability, self-organization, and artificial life/intelligence theories as they relate directly to biochemical and molecular biological reality. The Foundation wishes to encourage the pursuit of natural-process explanations and mechanisms of initial "gene" emergence within nature. The subject of interest is the genesis of primordial functional information itself rather than its physico-chemical matrix of retention and transmission. Bioinformation fits into the category of "prescriptive information" ("instruction," rather than mere probabilistic combinatorics [Abel, 2000]). By what mechanisms do stochastic ensembles acquire instructive/integrative potential? In other words, what are the processes whereby random biopolymeric sequences self-organize into indirect, functional code?

Central questions of interest relate to the definition and nature of "genetic instructions" and "biomessage." Is genetic recipe adequately represented and described by "mutual entropy" (shared, correlative uncertainty between transmitter and receiver)? At what point and by what processes do "biofunction" and "biosystem" enter into the chemical evolution of bioinformation?

What is a reasonable, empirically-accountable definition of "minimal life"?
How does nature's genetic programming achieve such long sequences of highly functional decision-node selections?

Genes are linear, digital, quaternary decision-node strings. Nucleotide selections represent four-way algorithmic switch-settings. These switch-settings are covalently-bound into primary structure. The string's specific sequence precedes secondary and tertiary folding. Folding results from forces such as hydrogen bonding, charge attractions/repulsions, and hydrophobicity. These forces are much weaker than the covalent binding that has already determined sequence. Folding space is primarily constrained by this pre-existing nucleotide sequencing. Ultimately, the algorithmic programming instantiated into the nucleotide-selection sequence determines biofunction.

The problem is that natural selection works only at the phenotypic level, not at the genetic level. Neither physicochemical forces nor environmental selection choose the next nucleotide to be added to the biopolymer. Mutations occur at the genetic level. But environmental selection occurs at the folding (functional) level, after-the-fact of already strongly set sequence, and after-the-fact of already established algorithmic function of the folded biopolymer.

By what mechanism did prebiological nature set its initial algorithmic switch-settings to program the first few (RNA?) genes?

How was RNA folding function anticipated when covalently-bound primary structure was forming?

Suppose a self-replicative oligoribonucleotide analog sequence occurred spontaneously out of sequence space. How did this self-replicative strand simultaneously anticipate folding needs for metabolic utility? Any evolution toward folding fitness would tend to mutate the sequencing away from self-replicative fitness. What was the bridge between both functions?

How could random mutations simultaneously contribute to both disparate functions?
How did so many biochemical pathways get integrated into one coherent, unified, and sophisticated metabolic process?

Clarification of what the Foundation is looking for

We are primarily interested in how certain linear digital sequences of monomers acquired three-dimensional dynamic function. The Prize offer is designed to stimulate focused research on the origin of initial genetic instructions themselves. So much of life origin work centers around biochemical factors. But biopolymers catalyzed by clay surfaces, for example, do not necessarily contain any functional (prescriptive) information. How does an algorithmically complex sequence of codons arise in nature which finds phenotypic usefulness only after translation into a completely different language (AA sequence)? How did natural process produce so indirectly the hundreds of needed three-dimensional protein catalysts for life to begin?

Mathematically, it is impossible to go backwards from 20 AA to 64 codons. There is no way to know which of four or six codons, for example, coded a given AA when one tries to go backwards against the "Central Dogma." Prescriptive Information has been lost. Various models of code origin often pursue primordial codon systems of only two nitrogen bases rather than three. At some point, such a two-base codon system must evolve into a three-base codon system. But catastrophic problems such as global frame shifts would have resulted from such a change midstream in the evolution of genetic code.

Environmental selection, if existent at all in a prebiotic environment, is nothing more than after-the-fact differential survivability/reproduction of certain stochastic ensembles in certain environments. How did initial genetic code-certain sequences of codons-come to specify only certain three-dimensional sequences of amino acid strings that "work"?

The winning submission will likely provide both a novel and cardinal conceptual contribution to current biological science and information theory.
The Foundation welcomes theoretical models of a more direct primordial instruction system (one that might have preceded codon transcription and translation) provided the model provides explanation of continuous transition (abiding by the "continuity principle") to current prokaryotic and eukaryotic empirical life.

Inanimate stepping stones of abiotic evolution are essential components to any natural process theory of the molecular evolution of life. Full reign must be given to the exploration of spontaneously forming complexity and to self-ordering inanimate systems. But reductionistic attempts to provide models of life development must not sacrifice the very property of "life" that biology seeks to explain. Coacervates, micelles, vesicles, and various primordial quasimembrane models, for example, may resemble membrane equivalents and merit considerable ongoing research, but should not be confused with the active transport membranes of the simplest known free-living organisms.

Criteria for winning

Major issues

Applicants must provide

A. a well-conceived, detailed hypothetical mechanism explaining how the rise of genetic instructions sufficient to give rise to life as defined in "Definitions" below might have occurred in Nature by natural processes, and an

B. empirical correlation to the real world of biochemistry and molecular biology - not just mathematical or computer models - of how the prescriptive information characteristic of all known living organisms might have arisen.

The mechanism must address four topics:

- The simplest known genome's apparent anticipation and directing of future events toward biological ends, both metabolic and structural;

- The ability of the genome to convey instructions, deliver orders, and actually produce the needed biological end-products;

- The indirectness of recipe-like biological "linguistic" message code - the gap between genotypic prescriptive information (instruction) and phenotypic expression. How did the first genetic instruction arise in its coded format prior to phenotypic realization of progeny from which the environment could select? If a protobiont's genetic code and phenotype were one and the same, how did such a simple system self-organize to meet the nine minimum conditions of "life" enumerated below under "Definitions"? How did stellar energy, the four known forces of physics (strong and weak nuclear forces, electromagnetic force, and gravity), and natural processes produce initial prescriptive information (instruction/recipe) using direct or indirect code?

- The bizarre concentration of singlehanded optical isomers (homochirality of enantiomers) in living things - how did a relatively pure population of left-handed amino acids or right-handed sugars arise out of a chemical environment wherein reactions ordinarily give rise to roughly equal numbers of both right- and left-handed optical isomers?

Definitions

a. By "theory," the Foundation means a thorough explanation and mechanism explaining how natural events might have given rise to a phenomenon like the genetic sign system, algorithmic programming, and code bijection. The Prize is not being offered for creating life in vitro, but for a plausible, empirically supported theory of mechanism within nature.

b. By "mechanism," the Foundation means a scenario of sequential, cause-and-effect (or at least "functionally dependent"), empirically correlated events explaining how genetic prescriptive information (instruction) arose naturally within Nature sufficient to give rise to current life.

c. By "prescriptive information," the Foundation means the instructions necessary for biochemical function, the end-product-oriented specification of monomeric sequence, the "recipe" and "biomessage" of messenger molecules which are so manifest in all known forms of phenomenological life. As pointed out by Hubert Yockey, all known genetic information is observed in a physical matrix sequence that is linear, segregatable, and digital. These linear sequences must be translated via code to other linear sequences for prescriptive information (instruction) to be received at the receiver end of any Shannon channel. They are in effect algorithmic sequences of decision-node configurable switch settings. Algorithms alone produce sophisticated biofunction. A phase space of stochastic ensembles has never been observed to produce even the simplest of biochemical pathways. See "algorithms" under the "Discussion" section.

By "prescriptive information (instruction)," the Foundation does not mean mere order or structure, as in a snowflake. By "prescriptive information (instruction)," the Foundation does not mean mere pattern or periodicity, as in a sine wave, kaleidoscopic image, or redundant inanimate crystal. By "prescriptive information (instruction)," the Foundation does not mean mere physical "complexity," as many complex conglomerates contain no instructional information. By "prescriptive information (instruction)," the Foundation is not merely referring to the probabilistic uncertainty concepts of Shannon, nor to Maxwell-Boltzmann-Gibbs entropy, nor to Kolmogorov-Solomonoff-Chaitin compression theory of mere sequence "complexity" alone. Internal algorithmic compression of alphanumberic symbol sequences defines "complexity." But such comlexity has nothing to do with external algorithmic meaning or function. Sequence complexity is no measure of algorithmic utility. "Function" extends into additional dimensions altogether from mere sequence "complexity." External algorithmic function changes its environment and accomplishes some task external to itself.

d. By "genetic code," the Foundation means "the linguistic-like, symbolic representation of commands from one alphabet and syntactic language (e.g., codon sequence) to another (e.g., AA sequence), conveying seemingly conceptual biological instructions to cell systems." Code is a one-to-one correspondence or "bijection" from one alphabetical system/language to another. See "The source of genetic code in nature" in the "Discussion" section.

Genetic instructions represent a form of "prescriptive information (instruction)" rather than just "Shannon combinatorial/probabilistic information." Genetic "recipe" has been called "aperiodic specified complexity." See "Aperiodic specified complexity" under "Discussion."

e. By sustained, free-living "life," the Foundation means any system which from its own inherent set of biological instructions can perform all nine of the following functions:

1. Delineate itself from its environment through the production and maintenance of a membrane equivalent, most probably a rudimentary or quasi-active-transport membrane necessary for selective absorption of nutrients, excretion of wastes, and overcoming osmotic and toxic gradients,

2. Write, store, and pass along into progeny prescriptive information (instruction) needed for organization; provide instructions for energy derivation and for needed metabolite production and function; symbolically encode and communicate functional message through a transmission channel to a receiver/decoder/destination/effector mechanism; integrate past, present and future time into its biological prescriptive information (instruction) content,

3. Bring to pass the above recipe instructions into the production or acquisition of actual catalysts, coenzymes, cofactors, etc.; physically orchestrate the biochemical processes/pathways of metabolic reality; manufacture and maintain physical cellular architecture; establish and operate a semiotic system using "signal molecules"

4. Capture, transduce, store, and call up energy for utilization (work),

5. Actively self-replicate and eventually reproduce, not just passively polymerize or crystallize; pass along the apparatus and "know-how" for homeostatic metabolism and reproduction into progeny,

6. Self-monitor and repair its constantly deteriorating physical matrix of bioinstruction retention/transmission, and of architecture,

7. Develop and grow from immaturity to reproductive maturity,

8. Productively react to environmental stimuli. Respond in an efficacious manner that is supportive of survival, development, growth, and reproduction, and

9. Possess relative genetic stability, yet sufficient diversity to allow for adaptation and potential evolution.

All classes of archaea, bacteria, and every other known free-living organism, meet all nine of the above criteria. Eliminate any one of the above nine requirements, and it remains to be demonstrated whether that system could remain "alive."
RNA strands, DNA strands, prions, viroids, and viruses shall not be considered free-living organisms, since they fail to meet many of the above well-recognized characteristics of independent "life."

Even in historical science, there must be some degree of empirical accountability to our theories. Proposing a mechanism that explains the origin of life must not consist of "defining down" the meaning and essence of the observable phenomenon of "life" to include "nonlife" in order to make our theories "work." Any scientific life-origins theory must connect with "life" as we observe it (the "continuity principle").

Science will never be able to abandon its empirical roots in favor of purely theoretical conjecture. On the other hand, science must constantly guard itself against Kuhnian paradigm ruts. We must be open-minded to the possibility that life has not always taken the form that we currently observe. We must take into consideration the problems inherent in any historical science where the observation of past realities is impossible.

Biophysicist Hubert P. Yockey makes the unique observation that "there is nothing in the physico-chemical world [apart from life] that remotely resembles reactions being determined by a sequence and codes between sequences. The existence of a genome and the genetic code divides living organisms from non-living matter." (Computers and Chemistry, 24 (2000) 105-123). This may well constitute the most concise and parsimonious dichotomization of animacy from inanimacy available in the literature.

We must remember, however, that the full compliment of nucleic acid code, ribozymes, and protein enzymes are still present immediately after cell death. Life, therefore, would appear not to be reducible to coded prescriptive information (instruction) alone. Life is also not "a bag of enzymes." "Life" is characterized by ongoing homeostatic metabolic process and algorithmic function, including development, growth, and reproductive potential. The inability of mules to reproduce has no relevance to discussions of protocellular viability.

Discussion

1. Entropy
By "entropy" as it relates to information theory, the Foundation adopts Hubert P. Yockey's distinction between Maxwell-Boltzmann-Gibbs entropy, Shannon probability-distribution entropy, and Kolmogorov-Solomonoff-Chaitin sequence/algorithmic complexity. (See Information Theory and Molecular Biology, Cambridge University Press, 1992, sections 2.2.2 and 2.4.1 - 2.4.6). (See also, Yockey, H.P., (1974) "An application of information theory to the Central Dogma and the sequence hypothesis." Journal of Theoretical Biology, 46, 369-406, and Yockey, H.P.(1981) Self Organization, Origin of Life Scenarios, and Information Theory, J. Theor. Biology, 91, 13-31, and Yockey, H.P. (2000) Origin of life on earth and Shannon's theory of communication, Comput Chem, 24, 1, pp 105-123) Yockey argues that there is no "balancing act" between algorithmic informational entropy and Maxwell-Boltzmann-Gibbs-type entropy. The two are not on the same see-saw. The two probability spaces are not isomorphic. Information theory lacks the integral of motion present in thermodynamics and statistical mechanics. In addition, there is no code linking the two "alphabets" of stochastic ensembles. Kolmogorov-Solomonoff-Chaitin complexity does not reside in the domain of stochastic ensembles of statistical mechanics. They have no relation despite endless confusion and attempts in the literature to merge the two.

"Highly ordered" is paradoxically opposite from "complex" in algorithmic-based information theory. The emergent property of "instructions," "organization," and the "message" of "messenger biomolecules" is simply not addressed in Maxwell-Boltzmann-Gibbs equations of heat equilibration and energy flux between compartments. Surprisingly, the essence of genetic "prescriptive information" and "instructions" is not addressed by current "information theory" either. Shannon information theory concerns itself primarily with data transmission, reception, and noise-reduction processing without regard for the essence of the "message" itself.
The Foundation questions whether "order," physical "complexity," or "shared entropy" are synonymous with "prescriptive information," "instructions," or "organization."

Christoph Adami emphasizes that information is always "about something, and cannot be defined without reference to what it is information about." It is "correlation entropy" that is "shared" or "mutual." Thus, says Adami, "Entropy can never be a measure of complexity. Measuring correlations within a sequence, like Kolmogorov and Chaitin (and Lempel-Ziv, and many others) is not going to reveal how that sequence is correlated to the environment within which it is to be interpreted. Information is entropy "shared with the world," and the amount of information a sequence shares with its world represents its complexity." (Personal communication; see also PNAS, April 25, 2000, 97, #9, 4463-4468).

Differences of perspective among information theorists are often definitional. "Complexity" and "shared entropy" (shared uncertainty between sender and receiver) has unfortunately often been used synonymously with "prescriptive information (instruction)." But is it? Mere complexity and shared entropy seem to lack the specification and orchestrational functionality inherent in the genetic "instruction" system of translation.

The confusion between algorithmic instruction and Maxwell-Boltzmann-Gibbs entropy may have been introduced through the thought experiment imagining Maxwell's Demon - a being exercising intelligent choice over the opening and closing of a trap door between compartments. Statistical mechanics has no empirical justification for the introduction of purposeful control over the trap door.

Solar energy itself has never been observed to produce prescriptive information (instruction/organization). Photons are used by existing instructional mechanisms which capture, transduce, store, and utilize energy for work. Fiber optics is used by human intelligence to transmit meaningful prescriptive information (instruction) and message. But raw energy itself must not be confused with functional prescriptive information/instructions. The latter is a form of algorithmic programming. Successions of certain decision-node switch settings determine whether a genetic "program" will "work" to accomplish its task.

2. Is life autonomous?
Some argue that life exhibits the characteristics of autonomy. Life is orchestrated by the prescriptive information (instruction) content and the inherent systems with which it finds itself. It is directed (passive voice) by its inherited genome. Because of this others argue that even a prokaryote's autonomy is apparent rather than real. Cells are fully dependent upon "recipe" and control mechanisms delivered from a prior and external source. Cells also remain dependent upon their environment, especially for energy. But without the transducing mechanisms instructed by its genome, energy will only accelerate its demise.

3. Does life display Negentropy?

1. It is mathematically impossible for entropy to be a negative entity. (Yockey, 1992, Information Theory and Molecular Biology, Cambridge University Press, p 84)

2. Organisms do not violate the Second Law of Thermodynamics any more than any other physical entity in open systems far from equilibrium. Their existing genetic instructions, command and control mechanisms, and machinery simply allow them to process incoming nutrients and energy in full accord with the Second Law. The problem lies in the derivation of the functional biological information that makes both of these processes possible. By what mechanism did initial instructions arise sufficient to produce such highly conceptual metabolic and replicative systems? This is the quest of The Gene Emergence Project, and the object of The Origin-of-Life Prize offer.

4. Specified aperiodic complexity
Many investigators, such as Leslie Orgel (Origins of Life, 1973, New York, John Wiley, 189-190), for many years have regarded genetic information as having an additional component besides mere complexity. Matrices of prescriptive information retention are not only extremely improbable ensembles, but ones which are specified in a way that yields biofunction. "Specified complexity" means that only a certain few out of a large sample space of potential or real ensembles will produce metabolic function. Specified complexity instructs and integrates biochemical pathways into homeostatic metabolism.

5. Algorithmic instruction
Life is an integration of many algorithmic processes that give rise to biofunction and overall homeostatic metabolism. Algorithms are processes or procedures that give rise to useful function. Algorithms are not merely linear sequences of symbols. They do something. Each symbol represents a choice from among symbol options. Each choice is critical to the determination of eventual function. There is an organizational property - a certain element of seeming conceptuality - to the biological information /instructions that produce the citric acid cycle, for example. This aspect raises bioinformation to a more instructive, orchestrational, and recipe level than mere physical order, complexity, probabilistic uncertainty, or "mutual uncertainty" between two sets.

Algorithmic compression schemes are valuable in defining plain complexity. Such algorithms address internal sequence compressibility only. But these types of algorithms tell us nothing about whether the sequence instructs any function external to itself. The degree of compressibility is not critical to defining prescriptive information (instruction). The functionality the sequence produces is.

Algorithms are usually schema of successive decision node "choices" that lead somewhere useful. The sequence of choices accomplishes some useful task. Each decision node represents a fork in the road. One false turn, and the potential function at the end of the sequence can be lost. Dendrograms of these decision node choice options give rise to many orders of magnitude of potential terminal tree branches. Only a few of these branches usually yield sophisticated function. A biopolymer represents this sequence of decision-node symbol "choices." Even when homologous protein sequences are considered from genetic drift, sometimes the equivalent of only one branch out of 2^30 (10^10) branches in sequence space "work" as the needed enzyme. Life-origin scenarios must provide explanation and mechanism for how such unlikely algorithmic strings come together at the same place and at the same time to produce not only the local function of each individual algorithmic program, but the integration of many hundreds of such strings into homeostatic metabolism.

6. The source of genetic information in nature
No theory of genetic information is complete without a model of mechanism for the source of such prescriptive information within Nature. It is not sufficient for a submission to the Prize to limit discussion of prescriptive information (instruction) theory to its replication, transmission, modification, or matrix of information retention. All submissions must address the source of the prescriptive information through non-supernaturalistic natural processes. Which of the four known forces of physics, or what combination of these forces, produced prescriptive, functional information, and how? What is the empirical evidence for this kind of prescriptive information (instruction) spontaneously arising within Nature?

7. Genetic code
In all known phenomenological life, genetic code manifests the conveyance of a functional coded message, using a sign system, to distant sites through an information channel to energy-consuming decoding receivers - ribosomal "machines,"
• symbolic, indirect representation of that message from one alphabet into another (e.g., codons of nitrogen base "language" being translated into the end-product of physical amino acid sequence "language.")
• prespecification of extremely unlikely and complex future events (see Dembski in suggested readings below) suggesting "apparent intent," "apparent planning," or "apparent purpose." (as Richard Dawkins describes it, "apparent design"),
• instructions capable of effecting and affecting many individual manufacturing processes, and of mediating the cooperation of all of those diverse processes toward the one organismal and seemingly "conceptual" end of being and staying alive, and
• the ability of that information (instruction) not only to give the directions or orders of what should be done, but to bring to pass those orders in the form of actual physical molecules, products, and life processes.
• the seemingly "irreducible complexity" argued by Michael Behe (see suggested readings below)
• the initial writing of this prescriptive information by nature, not just the modification of existing genetic instruction through mutation.

8. Scaffolding models
a. "Scaffolding" models of prelife (e.g., silicone/clay matrix models) constitute acceptable submissions as long as detailed and plausible hypothetical mechanisms along with empirical correlation are provided linking such inanimate crystal matrix models to "the arch" of current carbon-chemistry life. Such models would have to explain how random defects in crystal layers got arranged into functional genetic prescriptive information (instruction). The issue is not the medium or matrix that retains the information. The issue is the source of prescriptive information (instruction) itself in any medium or matrix of Nature.
b. "Scaffolding" models would also have to explain how inanimate crystals or the ions/radicals adsorbed onto them progressively acquired the nine minimum functions and capabilities of living organisms listed under the provided definition of "life."

9. Biochemical correlation
a. The hypothetical mechanism must demonstrate correspondence with "the real world" of biochemistry.
b. The submission must provide adequate empirical support strongly suggesting that such a hypothetical scenario can take place naturally in a prebiotic environment. Simulation of abiogenesis must be independent of the factor of human intelligence that is so often subconsciously incorporated into computer hardware/software experimental design and simulation.
c. Thermodynamic realities must be clearly addressed, including specific discussion of any supposed pockets of momentary exception to the Second Law of increasing Maxwell-Boltzmann-Gibbs entropy. The Foundation's view is that Prigogine's dissipative structures, and life itself, operate within the constraints of the 2nd Law.
Maxwell-Boltzmann-Gibbs entropy must not be confused with statistical Shannon entropy or Kolmogorov-Chaitin-Solomonoff-Yockey "complexity." The latter two are nonphysical, abstract, mathematical constructs. All physical matrices of prescriptive information retention, however, are subject to the plight of Maxwell-Boltzmann-Gibbs entropy. They manifest a tendency toward deterioration in both closed and open systems. Repair mechanisms for these messenger biomolecules, therefore, require all the more starting instructional integrity. Prescriptive information would have been necessary in any primordial life form's genome to correct for continuous noise corruption of its functional protogenes. Deterioration of existing recipe in a physical matrix is far more probable than the spontaneous writing of new conceptually complex metabolic algorithms. Building-block synthesis, for instance, would have required something like a reductive citric acid cycle. There are no simple algorithms for integrating such a multistep, highly-directional pathway.
d. Empirical support does not have to be original research, but can be gleaned from existing scientific literature. Previously published empirical support must be described in detail and well referenced within the applicant's published research paper, explaining exactly how those controlled observations demonstrate empirical correlation with the applicant's theory.

10. "Design" anthropomorphisms
It is easy for us to attribute "apparent instruction" or "apparent design" to projections of human intelligence onto the data. Based on current knowledge of molecular biology, any protocell or protobiont imaginable clearly must have manifested such "concept" to come to life long before any humans appeared on the scene to project or anthropomorphize anything. The Foundation believes that use of the words "order" and "complexity" are grossly inadequate euphemisms for the clearly observable prescriptive information, genetic instructions, biomessage, and functional biochemical pathways inherent in the simplest free-living organisms. The Foundation further believes that these empirical properties of genetic instruction and life can be investigated scientifically.

The simplest known living organisms are replete with empirical evidence of organizational unity and coherence which directs future biochemical events toward undeniable ends and purposes. Prokaryotes such as Archaea exhibit the integration of multiple biological systems into extraordinary organismic cooperation. The Foundation interprets such observable genetic instructions to be undeniable empirical evidence of objectively existent "concept" independent of human mentation. The "unusual effectiveness of mathematics" in physics offers more evidence. Such conceptual capacity predated human intelligence in any evolutionary paradigm. A hypothetical mechanism is therefore needed for two aspects of life origin:
• how seemingly unintelligent natural processes could have written such highly prescriptive recipe/message linguistic-like code, and
• how such an indirect system could have arisen which effects (brings into existence) so many hundreds of integrated and far-removed phenotypic processes and products in the simplest organisms.

11. Appeals to unknown laws
Appealing to unknown "laws" as the source of biological instruction constitutes a "category error" of logic theory. "Laws" do not cause anything. They are merely human generalizations, mental constructions, and mathematical descriptions of existing forces and mass-energy relationships. Even "chance" is a probabilistic rational construct. Neither chance nor "laws" cause effects. Unknown laws, therefore, cannot provide a mechanism for prescriptive information (instruction) genesis. Appealing to unknown laws constitutes a "naturalism of the gaps," corresponding to supernaturalists' appealing to a "God of the gaps" for scientific explanation. Neither is acceptable in naturalistic science.

12. Infinity issues
Appeals to multiple or "parallel" cosmoses or to an infinite number of cosmic "Big Bang/Crunch" oscillations as essential elements of proposed mechanisms are not acceptable in submissions due to a lack of empirical correlation and testability. Such beliefs are without hard physical evidence and must therefore be considered unfalsifiable, currently outside the methodology of scientific investigation to confirm or disprove, and therefore more mathematically theoretical and metaphysical than scientific in nature. Recent cosmological evidence also suggests insufficient mass for gravity to reverse continuing cosmic expansion. The best cosmological evidence thus far suggests the cosmos is finite rather than infinite in age.

13. Computerization
a. Computerized models must be free of subtle, inherent teleological design flaws which become incorporated into the model itself. The insidious role of human intelligence in both hardware and software must be acknowledged, addressed, and somehow divorced from hypothetical models themselves.
b. Models based on conditional probabilities must justify empirically why the environment would have selected for each plateau along the way. For example, why would the environment have favored and preserved the intermediary steps in many metabolic pathways of archaea when no useful product is produced until the last step? Many of these multistep, indirect manufacturing pathways constitute all-or-none processes. Such biochemical pathways have no phenotypic "plateaus" in physical biochemical reality to support theoretical arguments of selectable incremental function. Yet the random occurrence of the full pathway as a whole is statistically prohibitive in a trillion billion years, let alone in the mere 15-billion-year age of our cosmos.
c. Other factors limit the number of statistical trials for an exploding cosmic egg to randomly give rise to such sophisticated pathways in 15-billion years. The finite number of nucleons available in the cosmos to react with one another (10^80?) is an example. We can no longer appeal to infinity of particles, space, or time as a means of overcoming the statistical prohibitiveness within the only cosmos with which we have empirical experience. Abundant data, mathematical proofs, and our best theories all suggest that our cosmos is finite, not infinite. We have no scientific knowledge of any other cosmos, let alone an infinite number of imaginary cosmoses.
d. Parallel computer models must similarly have direct empirical correlation with naturally occurring environmental, chemical, biochemical, and molecular biological scenarios. "Directed evolution" experiments must not incorporate the artificial selection of investigators into their experimental design. "Directed evolution" is a self-contradictory phrase. Evolution by definition is never directed. Evolution in fact has no goal or purpose.

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